به رغم اينكه ساواك، سازماني امريكايي و دفتر ويژه، تشكيلاتي انگليسي بود، اما نمودار سازماني و حيطه عمل و وظايف آنها به گونه‌اي تنظيم شده بود كه اين دو تشكيلات، رقيب يكديگر محسوب نمي‌شدند. در واقع به لحاظ سلسله مراتب، دفتر ويژه و رياست آن نزديكي بيشتري با شاه داشت و وظيفه نظارت و كنترل بر امور ساواك را نيز در اختيار داشت. به ويژه پس از رياست پاكروان بر ساواك، كه ارتشبد فردوست ضمن رياست دفتر ويژه اطلاعات به قائم‌مقامي ساواك هم منصوب شد، موضوع رقابت اين دو تشكيلات كمرنگ‌تر شد. پيش از آن و در دوره رياست بختيار بر ساواك، اندك نافرمانيهايي از ناحيه او نسبت به فردوست و دفتر ويژه اطلاعات محسوس بود. اما پس از آغاز رياست سرلشكر حسن پاكروان، حداقل بر حسب ظاهر ديگر شاهد تنشي جدي و قابل اعتنا ميان اين دو تشكيلات نيستيم. به ويژه با نفوذ و اعتباري كه فردوست نزد شاه داشت و هم به دليل عدم وجود خوي ستيزه‌جويي در او، به تدريج فضاي ويژه‌اي بين او و دفتر ويژه‌اش با ساواك و رياست آن پديد آمد كه اساساً به سمت هم‌زيستي مسالمت‌آميز سير مي‌كرد. به نوعي نيز برتري او و دفترش در نزد رؤساي ساواك، مورد پذيرش قرار گرفته بود. ضمن اينكه فردوست در مقام قائم‌مقامي ساواك كه در تجديد ساختار ساواك هم نقش اساسي برعهده داشت، تعارضي بين وظيفه خود در دفتر ويژه اطلاعات و ساواك قائل نبود و به نوعي معاونت ساواك را در راستاي مديريتش بر دفتر ويژه اطلاعات ارزيابي مي‌كرد. بدين ترتيب به نظر مي‌رسد رؤسا و مديران ساواك هم به نوبة خود دفتر ويژه اطلاعات را تشكيلات چندان غريبي نمي‌دانستند و معتقد بودند كه اين سازمان نزديكترين پله رسيدن به شاه است. به عبارت ديگر دفتر ويژه اطلاعات به نوعي پيوند دهنده ساواك به شاه، در مسيري طولي (و نه چندان موازي و رقيبانه) ارزيابي مي‌شد. در اين ميان شخص فردوست سايه‌اي از شاه محسوب مي‌شد. سفارت امريكا در تهران از فردوست به عنوان «چشمها و گوشهاي شاه» تعبير مي‌‌كردند كه افرادي در حد رؤساي وقت ساواك (اگر هم اراده مي‌كردند) نمي‌توانستند تبعات سوءرقابت و دشمني با او را بپذيرند. به ويژه اينكه فردوست اعتبارش در نزد شاه بيش از هر مقام و رجال ديگري بود . حتي امير اسدالله علم كه خود ارتباط بسيار عميقي با شاه داشت، هنگامي كه از فردوست سخن به ميان مي‌آورد او را نزديكترين و وفادارترين دوستان شاه ارزيابي مي‌كند. سفارت امريكا در تهران ضمن برشمردن محفل خصوصي شاه و درجه نزديكي هر يك از آن افراد به شاه دربارة‌حسين فردوست و روابط ويژه او با شاه مي‌‌نويسد:
رابطه شاه با مقامات نظامي و امنيتي از طريق يكي از دوستان ديرين بنام سرلشكر حسين فردوست برقرار مي‌گردد. او يكي از كساني است كه براي تحصيل همراه محمدرضا شاه در مدرسه مقدماتي مخصوص انتخاب شده بود. در مورد سوابق خانوادگي فردوست اطلاعات چنداني در اختيار نيست. پدرش گروهبان بود و بعدها به درجه سرواني ارتقاء درجه يافت و احتمالاً در روزهاي قبل از سلطنت با رضاشاه ارتباط داشته؛ و يكي از ملازمين رضاشاه بوده است.
حسين فردوست همراه شاه به مدرسه له‌روزه در سوئيس و مدرسه نظام تهران رفت. به جز يك دوران كوتاه وي هميشه عهده‌دار موقعيتهاي مهم بوده و با وجود اينكه ارتقاء درجات نظامي وي مسير عادي داشته ولي از نفوذ و اقتدار بسياري برخوردار بوده است. محمدرضا احتمالاً از او از سالهاي 1941 به اين سو به عنوان رابط خود با سفارت آلمان استفاده مي‌كرده است. فردوست از مدتها قبل رئيس دفتر اطلاعات ويژه شاه بوده و هم‌زمان با اين معاونت ساواك را نيز برعهده داشته و در حال حاضر رئيس دفتر بازرسي شاه است و به عنوان ناظر بر عمليات دولت عمل مي‌كند.
سفارت امريكا حسين فردوست را در رأس 18 نفري قرار مي‌‌دهد كه محفل خصوصي شاه را تشكيل مي‌دهند كه در آن ميان پرويز ثابتي و ارتشبد نعمت‌الله نصيري ـ سومين رئيس ساواك ـ در آخرين رده اين جدول قرار دارند. در چنين شرايطي به ندرت شاهد بروز رقابت ميان فردوست و رؤساي وقت ساواك هستيم. البته نصيري در آغاز امر تلاشهاي ناموفقي انجام داد تا به نوعي بر موقعيت فردوست در نزد شاه خدشه وارد سازد. اما اين گونه تلاشها حاصلي جز عقب‌نشيني و قبول ارشديت (حداقل صوري) حسين فردوست نداشت. هر چند حسين فردوست به لحاظ اداري معاون او در ساواك محسوب مي‌شد. حسين فردوست از آغاز سلطنت محمدرضا در شهريور 1320 تا پايان دوران سلطنت او همواره در رأس حساس‌ترين و مهمترين دستگاههاي اطلاعاتي ـ امنيتي و نظارتي انجام وظيفه مي‌كرد و اين خود حاكي از عمق اعتماد شاه به او بود. خود وي درباره مهمترين مشاغل و مناصبش چنين گفته است:
مهمترين مأموريتها و مشاغلي كه محمدرضا به من ( فردوست ) محول نمود، به شرح زير است:
1ـ در روزهاي شهريور 1320، براي حل مسئله سلطنت محمدرضا، از طرف وي مأمور تماس با مستر ترات، رئيس اطلاعات سفارت انگليس شدم.
2ـ پس از شهريور 20، به دستور محمدرضا روابط شخصي پنهاني او را با افراد مختلف مانند دكتر فريدون كشاورز و دكتر مرتضي يزدي (سران حزب توده)، دكتر كريم سنجابي، دكتر مصطفي مصباح‌زاده، دكتر منوچهر اقبال، مورخ‌الدوله سپهر، شيخ حسين لنكراني و غيره، برقرار مي‌كردم.
3ـ در همين سالها به دستور محمدرضا «گارد جاويدان» را پايه‌گذاري كردم.
4ـ در سال 1338 مأ‌مور پايه‌گذاري «دفتر ويژه اطلاعات» شدم و پس از طي دوره در انگليس رياست اين ارگان را به عهده گرفتم. اين مسئوليت تا انقلاب ادامه يافت و شغل اصلي مرا تشكيل مي‌داد.
5ـ با تأسيس «دفتر ويژه اطلاعات» به عنوان رئيس دفتر، دبير شوراي امنيت كشور بودم، كه از سال 1350 به «شورايعالي هماهنگي» يا «شوراي هماهنگي رده يك» تغيير نام داد. در همين زمان «شوراي هماهنگي رده دو» نيز تشكيل شد، كه مسئوليت هر دو شورا با دفتر بود.
6ـ از سال 1340 تا 20 فروردين 1350، از سوي محمدرضا مأمور تجديد سازمان و آموزش ساواك بودم و به عنوان قائم‌مقام ساواك در اين سازمان بودم.
7ـ از 20 فروردين 1350، مأموريت تجديدسازمان و فعال كردن بازرسي را يافتم و به جاي سپهبد يزدان‌پناه رئيس سازمان فوق شدم. اين مسئوليت تا انقلاب ادامه داشت و صبحها در بازرسي و بعد از ظهرها در «دفتر ويژه اطلاعات» بودم.
8ـ به دستور محمدرضا، تحقيق در مورد سوءاستفاده يا عدم لياقت مقامات نظامي، انتظامي و ساير سازمانهاي دولتي تحت نظر من انجام مي‌شد.
9ـ به عنوان رئيس بازرسي، عضو كميسيون عالي بركناري مقامات مملكتي بودم.
10ـ از سال 53 يا 54 عضو كميسيون قيمتهاي پايه بودم.
11ـ پس از تشكيل حزب رستاخيز، مسئوليت ايجاد سازمان حفاظت و تحقيق حزب به من محول شد.
12ـ پس از صدور فرمان مبارزه با گرانفروشي، مسئوليت تحقيق دربارة اجراي آن با من بود.
روي هم رفته روابط دفتر ويژه اطلاعات و شخصي فردوست با ساواك و دواير و تشكيلات آن همواره نوعي از تعامل و سازش بود و در اين ميان اولي بر دومي برتري پيدا و پنهان داشت. فردوست به عنوان قائم‌مقام ساواك بسياري از امور تحقيقاتي و بازرسي دفتر ويژه را از طريق دواير و مديريت‌هاي مربوطه ساواك انجام مي‌‌داد. در اين ميان رابطه معقولي نيز بين طرفين برقرار بود. در موارد متعددي نيز كه امكانات پرسنلي و فني دفتر ويژه اطلاعات محدوديت داشت امكانات ساواك براي انجام امور فوق به كار گرفته مي‌شد. ضمن اينكه عمده اطلاعات و گزارشات ريز و درشتي كه دربارة مسائل مختلف سياسي، اجتماعي، فردي، فرهنگي و اقتصادي به دفتر ويژه اطلاعات ارسال مي‌شد از منابع ساواك بود و عمدتاً بر اساس همين داده‌هاي اطلاعاتي ساواك بود كه فردوست نتيجه تحقيقات و جمع‌بنديهاي نهايي خود را در اختيار شاه قرار مي‌داد. علي‌رغم اينكه فردوست از اوايل دهة 1350ش. رسماً قائم‌مقام ساواك نبود، اما نفوذ و ارتباط او با رياست ساواك كماكان برقرار بود و نقش هماهنگ كننده اطلاعاتي ـ امنيتي دفتر ويژه اطلاعات را با بخشهاي مختلف ساواك ايفا مي‌كرد. روابط اطلاعاتي ـ امنيتي دفتر ويژه اطلاعات با ساواك در تمام سالهاي دهة 1340 و 1350 و نيز دوران انقلاب با نظمي منطقي ادامه يافت. در اين ميان، گروههاي سياسي مخالف رژيم كه در رأس همه آنها روحانيون قرار داشتند، به شدت از سوي اين دو سازمان اطلاعاتي ـ امنيتي تحت كنترل و مراقبت بودند. ساواك در فواصل معيني بولتنهاي ويژه‌اي دربارة تحركات مخالفان تهيه و به دفتر ويژه ارائه مي‌داد تا پس از جمع‌بندي و آماده‌سازي نهايي در اختيار شاه قرار گيرد. گفته شده كه از سالهاي نخست دهة 1350، شاه ديگر علاقة چنداني به گزارشات تنظيمي دفتر ويژه اطلاعات كه تلخيص و تحليلي آسيب‌شناسانه از اوضاع جاري كشور بود نشان نمي‌داد و ترجيح مي‌داد گزارشات ارسالي از ساواك و ساير مراجع اطلاعاتي به طور مستقيم در اختيار او قرار گيرد. با اين حال دفتر ويژه كماكان وظايف پيشين را در حد امكان انجام مي‌داد و ضمن ارسال مستقيم گزارشات، خود نيز طبق برنامه‌اي كه از سالها قبل برقرار بود گزارشات ويژه‌اش را در اختيار شاه قرار مي‌داد.
در دوران پيروزي انقلاب اسلامي، روابط اطلاعاتي ـ‌ امنيتي و نظارتي دفتر ويژه اطلاعات و ساواك گسترش چشمگيري يافت. هر روزه حجم گسترده‌اي از گزارشات ارسالي ساواك از سوي فردوست و دفتر ويژه اطلاعات جمع‌بندي شده و پس از تجزيه و تحليل و نتيجه‌گيري در اختيار شاه قرار مي‌گرفت تا پس از هماهنگيهاي لازم دربارة روش برخورد ساواك با انقلابيون تصميم‌سازي شده، به واحدهاي عملياتي و اجرايي ساواك ابلاغ شود.
همكاري دفتر ويژه اطلاعات و ساواك در تمام دوران پيروزي انقلاب اسلامي ادامه داشت. حتي پس از خروج شاه از كشور هم اين ارتباط قطع نشد. مسئولان ساواك از رده‌هاي مختلف شخصاً به ديدار فردوست مي‌رفتند و دربارة نحوة برخورد با انقلابيون و راههاي جلوگيري از سقوط رژيم پهلوي رايزني‌هايي مي‌كردند. در همان حال گزارشات ارسالي ساواك، به دقت از سوي فردوست و دفتر ويژه اطلاعات پيگيري مي‌شد و براساس آن تصميماتي اخذ مي‌شد. در غياب شاه، فردوست گزارشهاي دفتر ويژه اطلاعات را به وزير دربار وقت ـ عليقلي اردلان ـ تسليم مي‌كرد. خود فردوست در اين باره چنين اظهار داشته است:
من رئيس «دفتر ويژه اطلاعات» بودم و مسئول ساختمان،‌ وسايل و اسناد و نيز مسئول بيش از 50 نفر پرسنل آن. اين تشكيلات نيز كليه وسايل لازم را در اختيار داشت و مانند بازرسي خود را در مقابل حكومت مسئول احساس مي‌كردم. در طول حكومت بختيار كار روزانه دفتر را ادامه دادم و همه روزه اخبار را به عليقلي اردلان، وزير دربار و عضو شوراي سلطنت، مي‌رساندم. اردلان كسي نبود و من نيز وظيفه نداشتم كه اخبار را به او تحويل دهم، ولي منظورم اين بود كه چون كار روزانه به مقامي تحويل مي‌شود علاقه بيشتري در افسران دفتر ايجاد شود و نظم كار به هم نريزد. دستورات اردلان همه بي‌‌مورد بود، كه هيچ‌كدام را اجرا نكردم. او مثلاً فكر مي‌كرد كه محمدرضا مراجعت خواهد كرد و تصور مي‌كرد كه واقعاً وزير دربار است! لذا دستورات بي‌‌‌معني مي‌داد: روزي دستور داد كه مقداري اسلحه بين سران عشايري كه به محمدرضا علاقمندند تقسيم شود. افسر مربوطه در دفتر از من سئوال كرد كه چه پاسخي به او بدهد، گفتم: هيچ، چون مزخرف گفته، اين حرفها يعني چه؟! روز ديگر وزير دربار به افسر دفتر گفت كه محمدرضا براي نقشبندي خانه‌اي در تهران اجاره كرده و چون حالا او از ايران رفته اجاره‌خانه را شما بدهيد. به افسر دفتر گفتم كه به ايشان بگوييد ما پولي نداريم كه به كسي بدهيم. درطول 37 روز حكومت بختيار من كسي را در رأس خود نمي‌ديدم و تنها اين رابطه تشريفاتي را با دربار حفظ كردم و گزارشي نيز به بختيار ندادم زيرا تابع نخست‌وزير نبودم و عجب اين است كه بختيار نيز درخواستي از من نكرد و با احساس ضعفي كه داشت جرئت نكرد كه وارد اين حوزه شود. لابد تحليلهاي مرا شنيده بود و مي‌دانست كه از او حرف شنوي ندارم و لذا به افرادي مانند قره‌باغي اكتفا كرد...
در همان حال فردوست روابطش را با مسئولان ساواك حفظ كرد. به رغم اينكه ناصر مقدم رئيس وقت ساواك چندان تمايلي به ملاقات با او نشان نمي‌داد، اما پرويز ثابتي مديركل اداره سوم كه مسئول امنيت داخلي ساواك بود به طور مكرر با فردوست ملاقات داشت و با او درباره مسائل مختلف و تحولات سريع كشور مذاكره و مشورت مي‌كرد. پس از خروج ثابتي از كشور، عطاپور از مديران اداره سوم ساواك چند روزي با فردوست و دفتر ويژه او مرتبط بود. با خروج او از كشور كه دو سه روز قبل از پيروزي انقلاب اسلامي صورت گرفت، ديگر فرصتي باقي نبود تا فردوست و دفتر ويژه اطلاعاتش ارتباط خود را با ساواك ادامه دهد.
بدين ترتيب و به رغم اينكه همزمان با ساواك دستگاهها و تشكيلات اطلاعاتي ـ‌ امنيتي متعدد ديگري هم در عرصه كشور فعال بودند، اما با تشكيل و آغاز فعاليت ساواك تغييراتي در حيطه فعاليت هر يك از اين سازمانها پديد آمد و با عملياتي شدن ادارات كل ساواك كه هر يك به فراخور وظيفه تعيين شده در زمينه‌هاي متعدد اطلاعاتي ـ امنيتي و ضدجاسوسي فعال شدند، برخي از وظايف دستگاههاي اطلاعاتي پيشين به اين سازمان تازه تأسيس واگذار شد. حسين فردوست تحول ايجاد شدة مذكور را به شرح زير آورده است:
1ـ عملكردهاي ضدبراندازي و ضدجاسوسي از شهرباني گرفته و به ساواك داده شد. در نتيجه، اداره كل سوم ساواك مسئول براندازي و اداره كل هشتم ساواك مسئول ضدجاسوسي گرديد. در اين دوران شهرباني فقط مسئول ضدبراندازي و ضدجاسوسي در درون سازمان خود بود. بعدها اداره اطلاعات شهرباني مسئول جمع‌آوري اخبار شد و اداره ضداطلاعات شهرباني مسئول فعاليتهاي ضدبراندازي و ضدجاسوسي در درون شهرباني گرديد.
2ـ اطلاعات غيرنظامي (گردآوري اطلاعات غيرنظامي از كشورهاي هدف) از ركن 2 ستاد ارتش گرفته شد و به اداره كل دوم ساواك محول گرديد، ولي ركن 2 كماكان مسئول گردآوري اطلاعات نظامي از كشورهاي هدف از طريق وابستگان نظامي بود. در ساواك، اداره كل هفتم مسئول بررسي اطلاعات جمع‌آوري شده توسط اداره كل دوم بود.
3ـ ركن 2 ژاندارمري نيز از ارتش تفكيك شد و مسئول فعاليتهاي ضدبراندازي و ضدجاسوسي در درون سازمان خود گرديد. بعدها نيز مانند شهرباني، ركن 2 ژاندارمري مسئول جمع‌آوري خبر از حوزه فعاليت خود شد و ضداطلاعات ژاندارمري مسئول فعاليتهاي ضدبراندازي و ضدجاسوسي در درون ژاندارمري گرديد.
4ـ اداره دوم (يا ركن 2) ارتش مسئول فعاليتهاي ضدبراندازي و ضدجاسوسي در درون ارتش و مسئول فعاليتهاي اطلاعاتي در كشورهاي هدف شد و به 2 ادارة اطلاعات و ضداطلاعات تفكيك گرديد. بعداً تصميم گرفته شد كه در فعاليتهاي جاسوسي چنانچه حتي اگر يك فرد ارتشي نيز در شبكه مكشوفه باشد پرونده به ضداطلاعات ارتش محول گردد.
5ـ با تشكيل «شوراي هماهنگي» تلاش شد كه به مجموعه ارگانهاي اطلاعاتي و امنيتي نظام و سيستم داده شود و هماهنگي و برنامه‌ريزي در كار آنها راه يابد.
6ـ «دفتر ويژه اطلاعات» بايد هم به عنوان مسئول و مدير شوراهاي هماهنگي و هم به عنوان مركز و مغز اطلاعاتي و امنيتي كشور عمل مي‌نمود. طبق اين وظيفه، ادارات كل سوم (ضدبراندازي)، هشتم (ضدجاسوسي غيرنظامي) و هفتم (بررسي اطلاعات غيرنظامي از كشورهاي هدف)، اطلاعات ارتش، اطلاعات شهرباني و ركن 2 ژاندارمري كليه اطلاعات غيرعملياتي خود را به «دفتر ويژه اطلاعات» تحويل مي‌دادند. در عين حال، دفتر در صورت لزوم ميان ارگانهاي فوق نيز تبادل اطلاعات مي‌نمود. وزارت اطلاعات سابق نيز اخبار راديويي جهان و مقالات مطبوعات جهان درباره ايران را به «دفتر ويژه اطلاعات» ارسال مي‌داشت.

موسسه مطالعات و پژوهش هاي سياسي